Odborné textyRepetitorium - klinická genetikaRepetitorium - statistika

Logaritmická transformace dat

JZAAC

Logaritmická transformace dat se používá v situacích, kdy rozložení hodnot v souboru nemá normální (gaussovské) rozdělení a je pozitivní šikmostí – rozdělením pravděpodobnosti protaženým směrem doprava. Pro řadu biologických veličin platí, že pomocí logaritmické transformace lze normální rozložení logaritmů hodnot dosáhnout, nebo se rozložení logaritmů normálnímu rozložení blíží. Obvykle se používá transformace pomocí přirozeného logaritmu, méně často logaritmus dekadický.

 

Postup je velmi jednoduchý. Nejprve zjistíme přirozený logaritmus každé naměřené hodnoty:

 

Původní data

Logaritmická transformace

x1

ln(x1)

x2

ln(x2)

.

.

.

.

xn

ln(xn)

 

 

Dále zjistíme průměr a směrodatnou odchylku logaritmů hodnot (pro ilustraci uvádíme vlevo odpovídající veličiny před transformací, vpravo po transformaci dat):

 

Původní data

Logaritmická transformace

průměr (x)

průměr logaritmů (xln)

směrodatná odchylka (s)

směrodatná odchylka logaritmů (sln)

 

 

Pokud byla transformace úspěšná, můžeme zkonstruovat referenční interval (údaj vlevo je jen pro ilustraci, resp. porovnání):

 

Původní data

Logaritmická transformace

95 % populace:

95 % populace (pozor, jedná se o logaritmy!)

x ± 1,96*s

xln ± 1,96*sln

 

 

Střední hodnotu souboru zjistíme odlogaritmováním průměru logaritmů (vpravo):

 

Původní data

Logaritmická transformace

x

exln

 

 

Skutečný referenční interval (95 %) získáme odlogaritmováním příslušných mezí, tedy meze xln - 1,96*sln, resp. meze xln + 1,96*sln takto:

 

Původní data

Logaritmická transformace

x - 1,96*s až x + 1,96*s

e(xln - 1,96sln) až e(xln + 1,96sln)

 

 

Takto získané hodnoty lze (v případě úspěšné transformace k normalitě) prohlásit za referenční meze. Úplný postup by měl zahrnovat ještě stanovení intervalu spolehlivosti pro dolní i horní referenční mez.
Příklad efektu transformace přirozeným logaritmem uvádí příklad 007.

 

 

Jednoduchá strategie pro popis datového souboru u různého rozložení a rozsahu dat

 

Použití deskriptivních statistických charakteristik se liší zejména podle rozsahu popisovaného souboru.

 

A.      Je-li méně než ~50 hodnot, je nutné se pokusit odhadnout typ rozložení dat (i přesto, že grafické znázornění bude někdy obtížné). Vypočteme průměr, šikmost, špičatost. Pokud rozložení odpovídá normální (gaussovské) distribuci, lze pro charakterizování souboru uvést průměr a směrodatnou odchylku. Lze rovněž pracovat s parametrickými testy hypotéz a uvádět korelační koeficient. Pokud rozložení dat není normální, je nejvhodnější publikovat kompletní data (nebo počty v intervalech hodnot od – do, což je vhodnější i v případě zjištěného normálního rozložení), lze použít pouze neparametrické testy hypotéz.

B.      Je-li více než ~50 hodnot, data se vždy znázorní graficky (histogram, distribuční funkce) a posoudí se normalita rozložení, případně se vypočte šikmost a špičatost. Je-li rozložení normální, lze pracovat s průměrem a směrodatnou odchylkou, lze pracovat s parametrickými testy hypotéz, lze použít korelační koeficienty. Není-li rozložení normální, zjistí se medián a vhodné kvantily, publikují se počty ve vhodných intervalech, uvede se grafické znázornění. Pro hodnocení hypotéz je nutné používat neparametrické testy. Lze provést případně transformaci směrem k normalitě. Pracuje se (ve výpočtech) s transformovanými hodnotami, v závěru je nutné provést zpětnou transformaci opačnou funkcí (retransformaci).

 

 

Poznámka

Pro posouzení normality lze rovněž použít stanovení intervalu x ± 1,96*s. Jsou-li krajní meze intervalu mimo logický rozsah hodnot (např. záporné), nemají data normální rozložení.

 

 

Další informace

Příklad 007: transformace dat

Normální rozložení

 

 

Antonín Jabor, recenzoval Zdenek Kubíček

.