Periferní
proteiny biologických membrán lze relativně snadno oddělit od lipidové
dvojvrstvy solnými roztoky, pomocí EDTA (etylendiaminotetraacetát) nebo urey.
Periferní proteiny obsahují převážně (asi ze dvou třetin) aminokyseliny
s hydrofilními nebo neutrálními zbytky aminokyselin, méně jsou zastoupeny
aminokyseliny s hydrofobními zbytky.
Integrální proteiny biologických membrán se od lipidové dvojvrstvy oddělují obtížněji, je nutné použít detergenty. Postranní řetězce aminokyselin integrálních proteinů jsou ze 40 až 60 % hydrofobní. Integrální proteiny mohou (ale nemusejí) procházet lipidovou dvojvrstvou. V prvním případě se protein kovalentně váže na řetězec mastné kyseliny nebo na sacharidovou složku fosfatidylinositolu. Ve druhém případě se hovoří o transmembránových integrálních proteinech.
Transmembránové
integrální proteiny mají hydrofobní zbytky aminokyselin (např. izoleucinu) uspořádány do řetězců o přibližně 20 zbytcích,
které jsou odděleny pruhy hydrofilních zbytků (např. argininu).
Hydrofobní řetězce mají dvě základní vlastnosti: jsou uspořádány do
α-šroubovice a mají délku kolem 3 nm (30 Å, tj. 0,15 nm na jeden
aminokyselinový zbytek), tedy délku nutnou pro kolmý průchod membránou
z fosfolipidové dvojvrstvy obsahující 16- a 18-uhlíkaté mastné kyseliny.
Integrální protein může vytvářet několik hydrofobních řetězců a transmembránový
průchod může být mnohočetný.
Další informace
Buněčné
a strukturální proteiny
Antonín Jabor