Kolizně indukovaná disociace (Collision Induced Dissociation, CID)
Princip MSn


Vysokoenergetická aktivace
Nízkoenergetická aktivace
Hybridní přístroje mohou kombinovat oba způsoby aktivace.
MS/MS spektra se pro oba typy kolizí mohou výrazně lišit, protože fragmentace iontů při srážce silně závisí na jejich původní energii


Kvadrupólové analyzátory (QqQ, QqQqQ)
Q = kvadrupólový analyzátor,
q = kvadrupól, na který je vloženo pouze střídavé napětí a do něj zaveden kolizní plyn kvůli srážkám s přiváděnými ionty

· 3 kvadrupóly jsou zařazeny za sebou, přičemž prostřední z nich (q) slouží jako kolizní cela (viz obrázek)
· zavedením kolizního plynu do druhého kvadrupólu se způsobí kolizní aktivace vybraných iontů kvadrupólovým analyzátorem Q s kolizním plynem a jeho následná fragmentace
· na rozdíl od pasti může docházet k opakovaným kolizním aktivacím, tzn. pozorujeme více fragmentových iontů než u MS/MS měření s iontovou pastí, jednoduše řečeno MS/MS spektra měřená na pasti jsou obvykle „čistší“ (tj. obsahují méně fragmentových iontů) a jsou tedy jednodušší na interpretaci
· pro měření MS/MS/MS je nutné spojit 5 kvadrupólů za sebou QqQqQ, výjimečně používané; pro MSn do vyššího stupně než MS2 je určitě výhodnější iontová past nebo iontová cyklotronová rezonance s Fourierovou transformací (MS FTICR)
MSn analýza v iontové pasti
Vybraný ion prekurzoru je zadržen v pasti, všechny ostatní ionty jsou vypuzeny, pak dojde ke kolizní aktivaci s atomy helia přítomnými v pasti a tím i k fragmentaci iontu a následně k záznamu MS/MS spektra, stejným způsobem je možno dále pokračovat na MS3, atd.
Teoreticky lze zařadit až MS10, prakticky je aplikace omezena citlivostí detekce a životností iontů, takže běžně se dosahuje MS3 - MS5 (pro strukturní analýzu to plně postačuje): Vše je automatizováno, takže např. u LC-MS
se zadá požadavek na změření MS a MS/MS spektra od neintenzivnějších iontů v daný moment a software nejprve změří MS spektrum, potom sám vyhledá nejintenzivnější ion v daný okamžik a podrobí tento ion MS/MS analýze bez zásahu operátora (volitelný je např. počet a požadovaná minimální intenzita iontů pro MS/MS analýzu a řada dalších parametrů)
MS/MS analýza u průletových analyzátorů (TOF)
